Genomic history of early dogs in Europe

灰狼（Canis lupus）向家犬（Canis lupus familiaris）的演化代表了人类历史上最早的动物驯化事件，但这一过程的具体地理和时间细节长期以来一直存在争议。尽管欧洲拥有一些年代最早（约1.4万至1.7万年前）的形态学鉴定家犬遗骸，但由于缺乏全基因组数据，追踪其谱系及其与现代种群关系的研究一直停滞不前。在一项发表于《自然》（Nature）杂志的里程碑式研究中，一个国际研究团队利用先进的基因组捕获技术分析了216具古代犬科动物遗骸，为欧洲早期家犬的基因组历史提供了权威解读。

该研究的技术创新核心在于针对性的全基因组DNA富集方法。鉴于79%的新石器时代前遗骸中内源性DNA含量低于1%，研究人员开发了一种针对约48.6万个单核苷酸变异（SNV）的杂交捕获芯片。该方法将内源性DNA富集了10到100倍，使团队能够成功区分141个样本的家犬与狼祖先成分。其中最重要的发现是获取了瑞士Kesslerloch遗址一具14,200年前家犬的基因组数据。该样本目前是经全基因组分析确认的最古老家犬，将家犬遗传多样化确立的时间推回至旧石器时代晚期。

来自Kesslerloch的基因组数据从根本上重塑了我们对家犬起源的认知。研究显示，这只旧石器时代家犬与后来的全球家犬种群共享显著的遗传漂变，这有力地反驳了欧洲旧石器时代晚期家犬源于独立驯化过程（与亚洲谱系无关）的假设。相反，Kesslerloch家犬与中石器时代及现代欧洲家犬的亲缘关系已明显高于亚洲家犬，这表明全球家犬的主要遗传结构在1.4万多年前就已初步形成。此外，研究人员发现，作为驯化标志的遗传多样性下降在Kesslerloch个体中已经存在，表明种群瓶颈发生在驯化过程的早期。

该研究还对新石器时代转型提供了细致的观察。在人类中，农业进入欧洲的标志是来自西南亚的移民大规模取代了当地的猎人-采集者种群。然而，家犬的基因组记录呈现出不同的图景。尽管在新石器时代确实有西南亚家犬祖先成分的涌入，但其规模明显小于人类。新石器时代的欧洲家犬通常仅携带20-40%的西南亚祖先成分，而同期人类的这一比例高达70-80%。这表明中石器时代的猎人-采集者犬只并未被取代，而是被整合到了农业社区中。

最终，研究结论指出，现代欧洲家犬是遗传上的“马赛克”，其约一半的祖先成分可追溯至欧洲本土的中石器时代家犬。这种连续性表明，在农业革命期间，犬类的种群更替远不如人类那样剧烈。通过弥合旧石器时代与现代之间的鸿沟，这项研究为理解世界上第一种驯化动物如何在深远的地理和文化变迁中与人类社会共同演化提供了一个权威的框架。